「同族会社の株式を譲渡したいが、どこから手をつければよいかわからない」と感じている経営者やオーナーは少なくありません。 同族会社における株式譲渡は、事業承継や相続対策として近年ますます注目を集めている手法です。 しかし、譲渡制限の確認、承認手続き、税金の取り扱いなど、整理しなければならない論点が多く、全体像をつかむのに苦労するケースも多く見られます。 帝国データバンクの調査によれば、2024年時点で後継者不在率は52.1%にのぼり、中小企業における事業承継の難しさが数字からも明らかになっています。 こうした背景もあり、株式譲渡は後継者問題の解決策として現実的な選択肢のひとつとなっています。 本記事では、同族会社の定義から株式譲渡の方法・手続きの流れ・税金の考え方・注意点まで、幅広く解説します。 個別の判断については、かならず弁護士・税理士などの専門家にご相談ください。

同族会社と株式譲渡の基本

同族会社の定義と判定基準

同族会社とは、少数の特定の株主グループによって経営権が握られている会社のことをいいます。 家族経営の中小企業がイメージされやすいですが、税法上の定義はやや異なります。

法人税法第2条第10号では、同族会社を次のように定めています。

「株主等の3人以下、ならびにこれらと特殊の関係にある個人および法人が、その会社の発行済株式の総数または出資金額の50%を超える株式または出資を有する場合における、その会社」

つまり、血縁関係のある個人だけでなく、特殊関係にある法人も含めた3グループ以下が発行済株式の過半数を保有していれば、同族会社に該当することになります。 また、2006年の税制改正により、株式数だけでなく議決権の数による判定基準も追加されました。 株式に議決権制限がある場合などは、議決権ベースで50%超を保有するかどうかも判定の対象となります。

ここでいう「特殊の関係にある個人」とは、次のような人が含まれます。

区分	対象者の例
親族関係	配偶者、6親等内の血族、3親等内の姻族
事実上の関係	内縁の配偶者（婚姻届なしで事実上の婚姻関係にある者）
経済的依存関係	株主から金銭や資産の援助を受けて生計を維持している者
使用人関係	個人株主の使用人

日本の法人全体に占める同族会社の割合は非常に高く、国税庁の会社標本調査によれば全法人の96%以上が同族会社に該当するとされています。 つまり、日本の中小企業のほとんどは同族会社であるといっても過言ではありません。 このことからも、同族会社の株式譲渡という問題は多くの経営者にとって身近なテーマです。

株式譲渡とはどのような行為か

株式譲渡とは、株主がその保有する株式を他の者に移転する行為のことをいいます。 株式は会社に対する権利の集合体であり、譲渡によって株主としての地位そのものが移転します。 つまり、議決権や配当を受け取る権利なども、あわせて相手方に引き継がれることになります。

株式譲渡が事業承継の場面でよく用いられる理由は、会社の法人格をそのまま維持できる点にあります。 事業譲渡のように個別の資産・負債・契約を移転する手続きが不要であり、株式の移転のみで会社全体の経営権を移すことが可能です。 従業員の雇用関係や取引先との契約もそのまま継続されるため、経営の連続性を保ちやすいという特長があります。

株式の譲渡方法には、大きく分けて次の3種類があります。

• 売買（有償による譲渡）
• 贈与（無償による譲渡）
• 相続（死亡を原因とする承継）

それぞれの方法によって、発生する税金の種類や負担の大きさが異なります。 どの方法を選択するかは、当事者の資金状況・税務上の影響・承継後の経営安定性を総合的に考慮して判断する必要があります。

同族会社に株式譲渡制限が設けられる理由

同族会社の株式には、多くの場合「譲渡制限」が設けられています。 譲渡制限とは、株式を第三者に譲渡する際に会社の承認を必要とする旨を定款で規定したものです。 会社法第107条第1項に基づく制度であり、非公開会社においては広く採用されています。

譲渡制限が設けられる主な理由は、経営上望ましくない第三者が株主として経営に関与することを防ぐためです。 同族会社は、特定の株主グループが経営権を握ることで安定した運営を実現しています。 もし株式を自由に譲渡できる状態にしておくと、競合他社や経営方針が合わない人物が株主となり、経営の混乱を招くリスクがあります。

また、同族会社においては株式の分散を防ぐこと自体が、経営の安定に直結します。 相続などにより株式が複数の相続人に分散してしまうと、経営方針をめぐる対立が生じやすくなります。 こうしたリスクを回避するために、あらかじめ定款に譲渡制限を設け、株主の変動をコントロールする仕組みを整えておくことが一般的です。

なお、株式に譲渡制限が設けられているかどうかは、会社の登記簿謄本（履歴事項全部証明書）を確認することで把握できます。 株式譲渡を検討する前に、まず定款と登記簿謄本の内容を確認することが第一歩となります。

同族会社の特徴と株式譲渡の関係

同族会社の経営上のメリット

同族会社には、一般の株式会社と比較してさまざまな経営上の利点があります。 これらの特徴は、株式譲渡を検討する際の背景としても重要な視点です。

同族会社の主な経営上のメリットは以下のとおりです。

迅速な意思決定 少数の株主が経営権を握っているため、重要な経営判断を短期間で下しやすい環境にあります。 上場企業のように多数の株主や機関投資家の意向を調整する必要がなく、スピーディーな経営判断が可能です。

経営の安定性 一人の経営者による経営期間が長くなる傾向があり、長期的な視野に立った経営戦略を実行しやすい点も強みです。 外部からの株主圧力を受けにくいため、短期的な利益よりも事業の継続性を優先した判断ができます。

創業理念の承継 創業者の経営理念が社内に浸透しやすく、従業員の結束力が高まる傾向があります。 「この会社らしさ」を守りながら事業を継続できる点は、同族会社ならではの強みといえます。

コストの軽減 上場企業と異なり、株主総会の運営費用や監査費用、証券会社への手数料などが不要です。 経営資源を事業活動に集中させやすい環境が整っています。

同族会社の経営上のデメリット

一方で、同族会社には経営上のデメリットも存在します。 これらは株式の分散や事業承継と深く関連しているため、株式譲渡を考える上でも無視できない要素です。

意思決定や監視機能の課題

同族会社では、経営者の判断が会社全体に大きな影響を与えるため、意思決定の独断化が生じやすいという課題があります。 上場企業であれば、社外取締役や監査役、株主などによるチェック機能が働きます。 しかし同族会社では、こうした外部からの監視・牽制の仕組みが機能しにくい場合があります。

具体的には、次のような問題が生じやすいとされています。

• 経営者の判断ミスが是正されにくい
• 身内への利益供与や不透明な取引が起きやすい
• 後継者の選定が能力よりも血縁関係で決まりやすい

また、税法上でも同族会社には特別規定が設けられており、「行為計算否認」や「みなし役員の給与の損金不算入」などが適用される場合があります。 これは、同族会社が税負担を意図的に回避する取引を行いやすいと考えられているためです。 経営の透明性を高める内部ルールの整備が、同族会社には特に求められます。

相続による株式分散リスク

同族会社における重大なリスクのひとつが、相続による株式の分散です。 経営者が亡くなると、その保有株式は法定相続人に分割されることになります。 相続人が複数いる場合、株式が分散してどの相続人も過半数を持てない状況が生じやすくなります。

たとえば、経営者が全株式の100%を保有していたとします。 その経営者が亡くなり、配偶者と子ども2人が相続人となった場合、株式は法定相続分にしたがって分割される可能性があります。 後継者が単独で経営権を確保できなくなると、株主間の対立が経営に影響を及ぼすリスクが生じます。

このリスクを事前に防ぐためには、生前に株式の承継先を明確にしておくことが重要です。 遺言書の作成や、後継者への株式集約を目的とした生前の株式譲渡が有効な対策として検討されます。

株式が分散した場合に生じる経営上の問題

株式が分散してしまった場合、具体的にどのような経営上の問題が生じるのでしょうか。

最も深刻なのは、議決権の分散による経営方針の対立です。 株主総会において重要な決議を行うには、原則として過半数（普通決議）または3分の2以上（特別決議）の賛成が必要です。 株式が複数の株主に分散している場合、重要事項の決議が進まないという事態が起こりえます。

また、少数株主は「少数株主権」と呼ばれる一定の権利を持っています。 たとえば、議決権の3%以上を保有する株主は株主総会の招集を請求できる場合があります。 こうした権利を行使された場合、経営者側はその対応に時間と労力を割かなければなりません。

さらに、買収リスクも無視できません。 分散した株式を第三者が買い集めることができる状況になると、意図しない形で経営への介入を受けるリスクが生じます。 同族会社において株式の分散を防ぐことは、経営の安定に直結する重要な課題です。

株式が分散した状態を放置せず、早い段階で専門家に相談しながら株式集約の方針を検討することが望ましいといえます。

同族会社における株式の主な譲渡方法

売買・贈与・相続の違いと概要

同族会社の株式を次世代に引き継ぐ方法は、大きく「売買」「贈与」「相続」の3つに分けられます。 それぞれの仕組みと特徴を理解した上で、状況に合った方法を選択することが重要です。

方法	概要	対価	主な税金
売買	株式を金銭と交換して譲渡する	あり	譲渡所得税（譲渡側）、みなし贈与税（低額の場合）
贈与	無償で株式を移転する	なし	贈与税（受贈側）
相続	被相続人の死亡により株式が承継される	なし	相続税（相続人）

売買は、資金力のある買い手が存在する場合に有効な方法です。 M&Aや従業員承継など、第三者との間で行われることも多く、譲渡側は売却代金を得られる点が特徴です。

贈与は、親族間で無償で株式を移転する方法です。 買い手に資金力がなくても実行できる反面、受贈者に贈与税が課せられる可能性があります。 株式の評価額が高い場合、贈与税の負担が大きくなることがある点に留意が必要です。

相続は、経営者の死亡を契機として株式が承継される方法です。 生前の計画なしに株式が複数の相続人に分散するリスクがあるため、遺言書の活用や生前対策との組み合わせが重要です。

なお、どの方法を選択するかによって、課税の種類・タイミング・負担額が大きく異なります。 個別の状況に応じた最適な方法の選択については、税理士や弁護士に相談することをおすすめします。

後継者への株式売却による事業承継

同族会社の後継者（多くの場合、子どもや親族である相続人）に対して、生前に株式を売却することは、事業承継の有効な手段のひとつとして考えられています。

相続が発生する前に株式を後継者に売却しておくことで、相続時における株式の分散を防ぎ、経営権の安定的な集中を図ることが可能です。 また、売却によって手元に入った資金を活用することで、さまざまな選択肢が生まれます。

相続税対策の観点からの整理

株式を生前に後継者へ売却した場合、売主の手元には売却代金が入ります。 一見すると相続財産の総額が変わらないように思えますが、実際にはいくつかの点で相続対策に活用できる場合があります。

売却代金を活用した相続対策の例として、以下のようなものが考えられます。

• 生命保険への加入（死亡保険金の非課税枠の活用）
• 不動産購入による財産評価額の引き下げ
• 老後の生活費や事業資金への充当による財産の減少

なお、株式を売却した側には、譲渡益に対して所得税および住民税が課せられる場合があります。 個人が非上場株式を譲渡した場合の税率は、所得税15%・住民税5%・復興特別所得税（2037年まで）を合わせて合計20.315%が一般的とされています。 ただし、個別の状況によって課税の有無や税額は異なるため、正確な税額の試算は税理士にご相談ください。

生前贈与との違いと遺留分への影響

株式を後継者に移転する方法として「生前贈与」を選択した場合、遺留分との関係で問題が生じる可能性があります。

遺留分とは、法定相続人に最低限保障された取り分のことです。 相続が発生した際、後継者以外の相続人には遺留分が認められており、その侵害がある場合には「遺留分侵害額請求」を行うことができます。

重要なのは、生前贈与の取り扱いです。 相続開始前の10年間に行われた相続人（後継者）への生前贈与は、原則として相続開始時の評価額で「持ち戻し」のうえ、遺留分の計算に含まれます（民法第1044条）。 つまり、株式を生前贈与した後に評価額が上昇した場合、後継者が遺留分侵害額請求を受ける金額が大きくなるリスクがあります。

一方、株式を時価で売買した場合は、この持ち戻しの問題が生じません。 売買は贈与ではなく有償取引であるため、遺留分の計算対象となる生前贈与には該当しないからです。 この点が、株式の売買と生前贈与の大きな違いのひとつです。

少数株主と経営者が協力して第三者へ売却するケース

近年、少子化や職業選択の多様化を背景として、親族への事業承継が困難な同族会社が増えています。 こうした状況の中で注目されているのが、同族経営者と少数株主が協力して、第三者に株式をまとめて売却するケースです。

株式の売却価格は、買い手が取得後にどれだけ経営に影響を与えられるかによって変わります。 一般的に、議決権の過半数を取得できる持株比率になると、買い手にとっての価値が高まり、売却価格が高くなる傾向があります。

たとえば、経営者が保有する株式だけでは議決権の過半数に届かない場合でも、少数株主の株式と合算することで過半数に達するケースがあります。 そのような場合、経営者と少数株主が合意して第三者に一括売却することで、より高い価格での売却が実現する可能性があります。

ただし、このような取引は法律・税務・財務の複数の論点が絡み合う複雑な案件となります。 手続きの進め方や適正な売却価格の設定については、弁護士・税理士・公認会計士などの専門家に相談しながら進めることが不可欠です。

同族会社の株式譲渡のメリット・デメリット

株式譲渡を選択する主なメリット

同族会社が株式譲渡を行うことには、さまざまなメリットがあります。 事業承継を検討している経営者にとって、株式譲渡は有力な選択肢のひとつです。

事業承継手段としての有効性

株式譲渡は、事業承継の手段として非常に実効性の高い方法として広く活用されています。 後継者が株式の50%超を取得することで、経営の主導権を円滑に引き継ぐことが可能です。 従業員の雇用契約や取引先との継続的な関係もそのまま維持されるため、事業の連続性を損なうことなく承継を実現できます。

また、会社の許認可や各種資格が法人に帰属している場合、株式譲渡であればそれらを引き継ぐことができます。 たとえば、建設業の許可や介護事業所の指定など、取得に時間や費用がかかる許認可類を継続して活用できる点は、事業承継における大きな実務的メリットです。

創業者利益の獲得

株式譲渡によって、創業者は「創業者利益」と呼ばれる経済的な果実を得ることができる場合があります。 創業者利益とは、会社設立時の出資額と株式売却時の売却価格との差額のことです。 長年にわたって事業を成長させてきた結果として、会社の価値が高まっている場合には、この差額が大きくなることがあります。

この利益は、経営者が引退後の生活資金に充てたり、新たな事業への投資に活用したりするための資金源となります。 創業者利益の獲得は、長年の経営努力に対する経済的な報酬ともいえます。

ただし、売却益には譲渡所得税が課せられる場合があるため、税務上の影響についても事前に確認しておくことが重要です。

資金調達への活用

非上場の同族会社であっても、会社の業績や資産内容によっては株式が高く評価される場合があります。 株式譲渡によって得た資金を、新たな事業展開や設備投資、次世代への贈与資金などに活用することが考えられます。

株式譲渡は、現金化が難しかった非上場株式を換金する手段としても機能します。 特に、会社の業績が好調で評価額が高い時期に売却を行うことで、まとまった資金を確保できる可能性があります。 ただし、売却時期や価格の判断には、専門家による株式評価のサポートを受けることが望ましいといえます。

株式譲渡に伴う主なリスク・デメリット

株式譲渡にはメリットがある一方で、見落としてはならないリスクやデメリットも存在します。

情報開示に関するリスク

株式譲渡を行う際には、買い手に対して会社の情報を開示するプロセスが伴います。 このデューデリジェンス（企業調査）の過程で、会社の財務状況・法務上の問題・潜在的なリスクが明らかになることがあります。

もし、売り手側が不利な情報を隠した状態で譲渡を進めた場合、後から契約の解除や損害賠償請求を受けるリスクがあります。 株式譲渡契約書に「表明保証条項」が設けられている場合、虚偽の情報開示があれば補償責任を問われることになります。

譲渡を円滑に進めるためには、情報を誠実に開示し、契約内容を丁寧に確認することが不可欠です。 弁護士によるリーガルチェックを受けた上で契約を締結することをおすすめします。

税負担が生じる可能性

株式譲渡には、さまざまな税金が関連します。 適切な価格設定や手続きを怠ると、想定外の税負担が発生する可能性があります。

たとえば、時価よりも著しく低い価格で株式を譲渡した場合、差額部分がみなし贈与とみなされ、受け取った側に贈与税が課せられることがある点に注意が必要です。 また、法人間の株式譲渡において不適切な価格設定を行った場合、寄付金課税や受贈益課税が生じるケースがあります。

株式の適正な評価額の把握と、それに基づく価格設定が、税務リスク回避の基本です。 非上場株式の評価には専門的な知識が必要であるため、税理士や公認会計士によるサポートを受けることが重要です。

同族会社の譲渡制限株式における承認手続きの流れ

承認手続きが必要となる根拠

同族会社の株式に譲渡制限が設けられている場合、株式を譲渡するためには会社の承認を得ることが必要です。 この承認手続きの根拠は、会社法第136条および第137条に定められています。

会社法では、譲渡制限株式を譲渡しようとする株主（または譲受人）は、会社に対して譲渡の承認を請求できると定めています。 また、会社が承認しない場合には、会社または会社が指定する者（指定買取人）が株式を買い取ることを請求できる仕組みも設けられています。

この制度の目的は、会社にとって望ましくない人物が株主となることを防ぎながら、株主が株式を換価する機会を保障することにあります。 承認手続きを経ずに行われた譲渡は、会社との関係では効力が認められない場合があるため、正確な手順を踏むことが不可欠です。

承認手続きのステップ

譲渡制限株式の承認手続きは、以下の4つのステップで進みます。

STEP1｜株式譲渡承認請求書の提出

最初のステップは、株式を譲渡しようとする株主（または譲受人）が会社に対して「株式譲渡承認請求書」を提出することです。

この請求書には、次の事項を明記することが求められます。

• 譲渡する株式の種類および株式数
• 株式を譲り受ける者の氏名または法人名
• 会社が承認しない場合に、会社または指定買取人による買取りを請求するかどうかの意思表示

請求書の記載内容に不備があると、手続き全体に遅延や問題が生じる可能性があります。 内容を十分に確認した上で、正確に作成・提出することが重要です。 また、後の証拠保全のために、内容証明郵便などで送付することも検討に値します。

STEP2｜承認機関（取締役会・株主総会）による審議と通知

承認請求を受けた会社は、定款の定めに従い、取締役会または株主総会において譲渡の承認可否を審議します。

会社法第139条第1項では、原則として次のように定められています。

会社の種類	承認機関
取締役会設置会社	取締役会
取締役会非設置会社	株主総会
定款で別段の定めがある場合	定款の規定に従う

会社は、承認請求を受けた日から2週間以内に可否の通知を行う義務があります（会社法第145条）。 この期限内に通知がなかった場合、承認があったものとみなされます。 そのため、会社側は期日管理を徹底することが重要です。

STEP3｜株式譲渡契約書の締結

会社から承認の通知を受けた後、譲渡人と譲受人の間で「株式譲渡契約書」を締結します。

契約書には、一般的に次の事項が盛り込まれます。

• 譲渡する株式の種類・数・譲渡価格
• 代金の支払い方法と支払期日
• クロージング（譲渡実行日）の条件
• 表明保証（双方が相手に対して行う事実の保証）
• 損害賠償・補償に関する条項

贈与による場合は、対価を0円と明記した形で契約書を作成します。 契約内容について双方が合意したら、署名・押印のうえ契約を締結します。 弁護士によるリーガルチェックを経ることで、後のトラブルを防ぐことができます。

STEP4｜株主名簿の書き換えと証明書の取得

株式譲渡契約の締結後、譲渡人と譲受人が連名で会社に対して「株主名簿書換請求」を行います。 会社が株主名簿を更新した時点で、第三者への対抗要件が備わり、株式譲渡の手続きが完了します。

株主名簿の書き換えが完了したことを確認するために、「株主名簿記載事項証明書」の交付を請求しておくことをおすすめします。 この証明書を取得しておくことで、新たな株主としての地位を第三者に対して証明できます。

なお、株券を発行している会社の場合は、株券の交付も必要な手続きのひとつです。 株券の交付がなければ株式譲渡の効力が生じない場合があるため、注意が必要です。

承認が得られなかった場合の対応

会社が株式の譲渡を承認しなかった場合でも、株主は一定の対応を取ることができます。

承認請求の際に「買取請求」を併せて行っていた場合、会社または指定買取人に株式を買い取らせることができます（会社法第138条）。

このとき、売買価格は当事者間の協議によって決定することが一般的です。 協議が整わない場合は、裁判所に対して売買価格の決定を申し立てることができる場合があります。

また、不承認の通知後の手続きには一定の期限が定められているため、期日を過ぎると承認とみなされることがあります。

手続き	期限の目安
不承認通知の期限	承認請求受領から2週間以内
会社が自己買取する場合の通知	不承認通知から40日以内
指定買取人を指定する場合の通知	不承認通知から10日以内

期限管理を誤ると、会社が意図しない形で譲渡が承認されたとみなされる可能性があります。 承認可否の判断を行う際は、期日を必ず確認するようにしてください。

手続きに必要な主な書類の概要

株式譲渡の手続きを進める上で、各段階で必要となる書類を整理します。

書類名	役割	作成・発行者
株式譲渡承認請求書	会社に譲渡の承認を求める	譲渡を希望する株主
株主総会招集通知／取締役会招集通知	承認の審議を行う会合の通知	会社
株主総会議事録／取締役会議事録	審議の内容を記録した議事録	会社
株式譲渡承認通知書	承認の結果を株主に通知する	会社
株式譲渡契約書	譲渡条件を定める契約書	譲渡人・譲受人
株主名簿書換請求書	株主名簿の変更を請求する	譲渡人・譲受人（連名）
株主名簿記載事項証明書	名簿変更が完了したことを証明する	会社

これらの書類は、後のトラブルや課税当局からの問い合わせに対応するための重要な証拠書類となります。 手続き後も適切に保管しておくことが大切です。

同族会社の株式譲渡にかかる税金の概要

課税関係は当事者の属性によって異なる

同族会社の株式譲渡にかかる税金は、譲渡する側と譲渡を受ける側が「個人」か「法人」かによって、課税の種類・仕組みが異なります。 全体像を正確に把握するためにも、当事者の組み合わせごとに課税の概要を確認しておきましょう。

個人から個人への譲渡

個人が保有する非上場株式を、別の個人に売却した場合の課税は次のとおりです。

譲渡する側（売り手）は、売却によって生じた譲渡益に対して課税を受ける場合があります。 譲渡所得の計算式は「譲渡価格－（取得費＋手数料等）」です。 個人の場合、非上場株式の譲渡所得に適用される税率は、所得税15%・住民税5%・復興特別所得税（2037年まで）を合わせて合計20.315%が一般的とされています。 正確な税額の計算については、税理士にご確認ください。

譲渡を受ける側（買い手）については、通常の価格で購入した場合には特段の課税は生じません。 ただし、時価よりも著しく低い価格で取得した場合、差額部分がみなし贈与とみなされ、贈与税が課せられる可能性があります。

なお、取得費が不明な場合には、概算として譲渡価格の5%を取得費とすることが認められている場合があります。 正確な取得費の把握と申告については、税理士にご相談ください。

法人から法人への譲渡

法人が株式を別の法人に譲渡する場合、譲渡益は法人の他の所得と合算されて法人税の課税対象となります。 個人のように株式の譲渡益だけを分離して課税するのではなく、事業活動全体の利益として総合的に課税される点が特徴です。

また、時価よりも著しく低い価格で譲渡した場合、差額部分が寄付金として取り扱われ、損金算入に制限がかかる可能性があります。 一方、株式を取得した法人側では、時価と取得価格の差額が受贈益として法人税の課税対象となる場合があります。 グループ会社間での株式移転においても、適正時価を意識した価格設定が求められます。

法人税の基本税率は23.2%とされていますが、会社の規模や所得の金額によって異なる場合があります。 個別の税率は、税理士にご確認ください。

個人から法人への譲渡

個人が法人に対して株式を時価の2分の1未満の価格で譲渡した場合、個人側には時価で譲渡したものとみなして譲渡所得税が計算される場合があります（所得税法第59条）。 実際の売却価格が低くても、税務上は時価を収入金額として所得を計算するため、注意が必要です。

また、時価と譲渡価格の差額は、株式を取得した法人側で受贈益として法人税の課税対象となる場合があります。 適正価格での取引を行わないと、双方に意図しない課税が発生するリスクがあります。

なお、時価の2分の1以上の価格での取引であっても、同族会社間の取引においては「行為計算否認」の規定により、課税当局から否認されるリスがある点にも留意が必要です。 個別の課税関係については、必ず税理士にご相談ください。

法人から個人への譲渡

法人が個人に対して株式を低額で譲渡した場合、法人側は時価で譲渡したものとして法人税の課税対象となる場合があります。 また、時価と譲渡価格の差額は、譲渡を受けた個人との関係（雇用関係の有無）に応じて、給与または寄付金として取り扱われる場合があります。

譲渡を受けた個人側には、時価と取得価格の差額に対して所得税が課せられる可能性があります。 法人と個人に雇用関係がある場合（役員・従業員）は給与所得、雇用関係がない第三者の場合は一時所得として課税されることが一般的です。 なお、法人からの贈与を受けた個人には、贈与税ではなく所得税が課せられる点も覚えておきましょう。

課税の取り扱いは個別の状況によって異なるため、専門家への確認が必要です。

譲渡所得税・贈与税・相続税それぞれの考え方

同族会社の株式譲渡に関連する主な税金は、「譲渡所得税」「贈与税」「相続税」の3種類です。

譲渡所得税は、株式の売却によって生じた利益（譲渡益）に対して課せられる税金です。 個人の場合、非上場株式の譲渡所得は「申告分離課税」の対象となります。 他の所得とは分けて税額を計算し、確定申告によって納付します。

贈与税は、無償または著しく低い価格での株式移転があった場合に課せられる税金です。 贈与税の税率は、基礎控除（年間110万円）を超えた課税価格に応じて10%〜55%の超過累進税率が適用されます。 同族会社の株式は評価額が高くなる場合があり、贈与税の負担が大きくなるケースがあります。

相続税は、被相続人（故人）の財産が相続人に承継された際に課せられる税金です。 相続税にも基礎控除（3,000万円＋600万円×法定相続人の数）が設けられており、この範囲内であれば相続税は課せられません。 ただし、株式の評価額が高い場合には多額の相続税が生じる可能性があり、生前からの対策が重要です。

どの税金がどのタイミングで発生するかは、譲渡の方法や当事者の属性によって複雑に変わります。 事前に税理士に相談し、全体的な税負担を把握した上で譲渡方法を検討することをおすすめします。

適正価格での取引が重要な理由

同族会社の株式譲渡において、適正価格（時価）での取引を行うことは、税務上の重要な原則です。 特に親族間や関係会社間での取引では、意図せず時価から大きく乖離した価格で取引が行われるケースがあります。

この場合、税務当局からみなし贈与・みなし譲渡・寄付金などとして認定され、追加の税負担が生じるリスクがあります。

取引パターン	主なリスク
時価より著しく低い価格での売買	差額がみなし贈与等とみなされ、受け取った側に贈与税または所得税が課せられる可能性がある
時価より著しく高い価格での売買	売り手側の超過利益への課税、買い手側のみなし贈与課税が生じる可能性がある
無償での譲渡	みなし譲渡所得税・受贈益課税が生じる可能性がある

非上場株式の時価（評価額）は、上場株式のように市場価格がないため、専門的な評価が必要です。 一般的な評価方法としては、「純資産価額方式」「類似業種比準方式」「配当還元方式」などがあります。 どの評価方式を用いるかは、株主の属性や持株割合などによって異なります。

適正な評価額を把握するためには、税理士や公認会計士による株式評価の実施が不可欠です。 適正価格での取引を徹底することが、税務リスクを回避するための基本的な対策となります。

同族会社の株式譲渡を進める際の主な注意点

承認手続きの正確な履行

同族会社の株式譲渡において、承認手続きを正確に履行することは、譲渡の法的有効性を確保する上で最も重要なポイントのひとつです。

譲渡制限株式の場合、会社の承認を得ずに行われた譲渡は、会社との関係において効力が認められない可能性があります。 承認手続きを省略したり、手続きに不備があったりすると、後から譲渡の有効性を巡るトラブルに発展するリスクがあります。

特に注意が必要な点として、以下が挙げられます。

• 承認請求書の記載内容を正確に整える
• 承認機関（取締役会または株主総会）での決議を適切に行う
• 会社からの通知期限（2週間以内）を確実に管理する
• 議事録などの証拠書類を正確に作成・保管する

手続きの各段階で専門家（弁護士・司法書士・税理士）のサポートを受けることで、手続きの正確性を確保することをおすすめします。

売買代金の受領方法と証拠保全

株式の売買代金を受領する際には、取引の事実を明確に証拠として残すことが重要です。 課税当局から取引の適正性について確認を受けた場合に、適切な証拠がなければ説明が困難になります。

以下のような対応が、証拠保全の観点から有効とされています。

銀行口座を通じた売買代金の授受 現金での受け渡しではなく、銀行振込によって代金を授受することで、取引の事実と金額を客観的に記録することができます。

株式譲渡契約書への確定日付の取得 公証人役場で株式譲渡契約書に確定日付を取得しておくことで、契約の締結日を第三者に対して証明しやすくなります。 これにより、取引の時期をめぐる疑義が生じにくくなります。

株式の評価根拠の文書化 売買価格の根拠となった株式評価の計算書や評価報告書を保管しておくことで、適正価格での取引であることを説明しやすくなります。

こうした証拠保全の措置を講じておくことが、後の紛争や課税リスクへの備えとして有効です。

課税当局への対応リスク

同族会社の株式譲渡は、課税当局から特に注目されやすい取引のひとつです。 特に親族間での株式の移転においては、税負担の軽減を目的とした不適切な取引が行われていないかどうかが確認されることがあります。

主な課税リスクとして、以下の点が挙げられます。

• 株式の売買価格が時価から著しく乖離している場合のみなし課税
• 承認手続きの不備を理由に取引の一部または全部が無効と判断されるリスク
• 親族間取引における贈与税の課税
• 法人間取引における寄付金・受贈益の認定

これらのリスクを回避するためには、法令に従った正確な承認手続きの履行、適正価格での取引、取引事実の客観的な証拠保全の3点が基本となります。

また、課税当局から問い合わせや調査を受けた場合に対応できるよう、手続きに関するすべての書類を一定期間保管しておくことが重要です。 複雑な案件については、事前に税理士に相談しながら進めることで、リスクを最小限に抑えることができます。

同族会社の株式譲渡・承認手続きは少数株Laboへご相談ください

本記事で解説したとおり、同族会社の株式譲渡には譲渡制限の確認・承認手続き・適正評価額の算定・税務対応と、複数の専門的な論点が絡み合います。 「手続きの流れはわかったが、自分のケースでどう進めればいいかわからない」という方も多いのではないでしょうか。 株式会社繁栄が運営する少数株Laboでは、同族会社の株式譲渡に関するご相談を承っています。

こんなお悩みをお持ちの方は、ぜひご相談ください。

• 同族会社の株式を譲渡したいが、定款に譲渡制限があって手続きの進め方がわからない
• 取締役会・株主総会での承認手続きを正確に行えるか不安
• 非上場株式の評価額の算定方法がわからず、適正な売却価格の決め方に困っている
• 後継者への株式売却と生前贈与、どちらが相続対策として有効か判断できない
• 少数株主として同族会社の株式を保有しているが、売却・換金の方法を相談したい
• 親族間の株式譲渡で税務リスクが心配、みなし贈与にならないか確認したい
• 相続で引き継いだ同族会社の株式を適切に処分したい

少数株Laboでは、無料相談を受け付けています。 「まず状況を整理したい」という段階からでも、お気軽にお問い合わせください。 同族会社の株式譲渡に精通した専門スタッフが、あなたの状況に合った最適な進め方を一緒に考えます。

まとめ｜同族会社の株式譲渡は専門家との連携が重要

本記事では、同族会社の株式譲渡について、基本的な定義から手続きの流れ・税金の考え方・注意点まで幅広く解説してきました。 最後に、要点を整理します。

テーマ	ポイント
同族会社の定義	株主等3人以下とその特殊関係者が発行済株式の50%超を保有する会社
譲渡制限	多くの同族会社に設けられており、会社の承認が必要
譲渡方法	売買・贈与・相続の3種類があり、税金の扱いが異なる
承認手続き	4つのステップ（請求→審議→契約→名簿書換）を正確に履行する
税金	当事者の属性（個人・法人）の組み合わせによって課税が異なる
注意点	適正価格での取引、証拠保全、専門家への相談が重要

同族会社の株式譲渡は、法律・税務・財務のすべての観点が複雑に絡み合う手続きです。 承認手続きの不備や価格設定の誤りが、後の大きなトラブルや追加課税につながるリスクがあります。

事業承継や株式譲渡を検討している場合は、早い段階から弁護士・税理士・公認会計士などの専門家に相談し、適切なサポートを受けながら進めることを強くおすすめします。 専門家と連携することで、リスクを最小限に抑えながら、円滑な株式譲渡を実現できる可能性が高まります。

本記事の内容は一般的な情報提供を目的としており、個別の法的・税務的判断については、必ず専門家にご相談ください。